O Comitê da Região Hidrográfica da Baía de Guanabara e dos Sistemas Lagunares de Maricá e Jacarepaguá, foi instituído pelo Decreto Estadual nº 38.260 de 16 de setembro de 2005, cuja redação foi alterada pelo Decreto Estadual nº 45.462 de 25 de novembro de 2015.
A sua organização teve início a partir de iniciativas da sociedade civil e dos usuários da água, sob o apoio da Secretaria de Estado de Recursos Hídricos no ano de 2001. Foram formadas duas Comissões, uma para cada lado da Baía de Guanabara, sendo eles: Comissão Pró-Comitê do Leste da Guanabara e a Comissão Pró-Comitê do Oeste da Guanabara.
A Comissão Pró-Comitê do Leste da Guanabara iniciou seus trabalhos pelas bacias dos rios Caceribu e Macacu, participando da reunião de lançamento representantes da sociedade civil e dos governos municipais de Cachoeiras de Macacu, Guapimirim, Itaboraí, Rio Bonito, São Gonçalo e Tanguá. Em seguida, as bacias dos rios Alcântara/Guaxindiba abrangendo o Município de Niterói.
Foram constituídas três Câmaras Técnicas – de governo, da sociedade civil e dos usuários –, com o objetivo de identificar e agregar os interessados em participar do processo, sendo realizadas várias reuniões de mobilização para cada um dos segmentos.
Somente no ano de 2005, que o Governo do Estado do Rio de Janeiro institui oficialmente, através de decreto, o Comitê da Baía de Guanabara, expandido a área de atuação para além do lado leste, incluindo as áreas do oeste, dos sistemas lagunares de Jacarepaguá, Lagoa Rodrigo de Freitas, Itaipu/Piratininga e Maricá-Guarapina. Criando seis regiões hidrográficas distintas, possibilitando a estas regiões a se organizarem em subcomitês, sob o comando do Comitê da Baía de Guanabara.
